Îlots CpG

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Les îlots CpG

Message  Yves le Ven 14 Déc - 13:28

Tout d'abord, les CpG en eux-mêmes.

Le "p" ne veut en aucun cas dire phosphate. Il abrège "point" qui veut dire que le G est à la suite du C et non en face sur le brin complémentaire.
Il faut donc bien différencier dinucléotide CpG (CpG pour les intimes), les deux bases C et G à la suite, des îlots CpG, des endroits où on trouve beaucoup de CpG.

La méthylation des cytosines est un phénomène courant chez les vertébrés. Elle permet d'identifier les brins d'ADN endogènes des étrangers (bactéries et virus). De plus, les cytosines méthylées jouent un rôle clé dans l'état de compaction de la chromatine et donc du niveau d'expression des gènes, mais également dans les mécanismes de réparation de l'ADN. Ces deux mécanismes étant un sujet à part, je ne m'étendrait pas dessus.

Il est important de noter que chez l'Homme (et chez la Femme aussi), seules les cytosines situées en 5' d'une guanine sont effectivement méthylées, d'où la considération particulière des CpG.
Les cytosines méthylés sont hypermutables (genre 100 fois supérieur à la normale), avec la particularité de muter non pas en un joli U qui sera reconnu par les mécanismes de réparation mais en un non moins joli T, et là, la cellule n'y verra que du feu. La conséquence est que les CpG sont nettement sous représentés dans le génome de l'Homme (et aussi de la Femme) : il y en a en général beaucoup moins que ce que l'on devrait voir (seulement 20%) sauf dans une région particulière, les fameux îlots.

Les îlots CpG
Ce sont des régions où l'on observe beaucoup plus de CpG qu'ailleurs. Pourquoi ? On ne sait pas vraiment, mais le fait qu'ils sont souvent associés à des promoteurs fait qu'ils sont sûrement sous pression de sélection. Le mécanisme précis par contre n'est pas connu. On pense que dans ces îlots, le niveau de méthylation baisse radicalement, ce qui a pour effet de diminuer la mutabilité des CpG.

Chris et Yves

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Yves
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