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Message  Fanny le Jeu 3 Jan - 2:38

Et oui encore une question! Que sont les SAGEs exactement?
Je vois dans mon cours (à "les deux principes du SAGE") que:
1 une courte sequence (14 bp) en 3' des messagers suffit pour identifier le messager en question.
2. une concaténation de courtes séquences permet d'obtenir un grand nombre d'informations.
Enfin pour être honnête je ne vois pas ce que c'est ni comment ça marche.... Help?
Merci (puis bonne année aussi)

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Re: les SAGEs

Message  Yves le Lun 7 Jan - 13:03

Tout d'abord, désolé pour la réponse tardive...
Ensuite, pas de panique et reprenons depuis le début...

SAGE veut dire Serial Analysis of Gene Expression. C'est un outil moléculaire qui permet d'étudier l'expression de gènes dans différents tissus (une tumeur, par exemple). Le fonctionnement est le suivant :

isoler les ARNm dans un tissu donné (grâce à leurs extremités poly-A),

après s'être débarassé de l'extremité poly-A, couper une petite séquence (≈ 15 nt) de l'extrémité 3' de l'ARNm avec une enzyme de restriction, c'est le tag,

regrouper ces petites séquences en un seul grand concaténat, plus facile à analyser. Ce concaténat est ensuite séquencé pour analyse,

La structure de ce concaténat est la suivante : beaucoups de petits tags différents, chacuns séparés par une séquence courte et unique (grâce au traitement par enzyme de restriction). Le concaténat est analysé par un logiciel qui peut identifier ces "inter-séquences" et donc identifier les "vrais" tags.
Le principe d'analyse est le suivant : plus un gène est exprimé dans un tissu donné, plus on trouvera d'ARNm, donc plus on trouvera de tags dans le concaténat. Le logiciel compte tout simplement les tags et va chercher dans les bases de données les gènes correspondant aux tags (par un BLAST tout simple).

Le résultat final est donc une liste de gènes avec leurs niveaux d'expression correspondant dans le tissu analysé.

Pour plus d'info, aller voir là-bas.

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Re: les SAGEs

Message  domitille le Ven 6 Juin - 15:55

Bonjour,

Je viens d'arriver sur le forum et en lisant ce petit paragraphe sur le SAGE, je me suis dis que j'avais un petit schema recapitulatif qui permet de bien comprendre la technique, qui permet aujourd'hui d'identifier de nombreuses séquences grâce aux banques de données de SAGE ou d'ESTs.


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