test de smirnov ???

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test de smirnov ???

Message  Mélanie le Mer 3 Déc - 18:38

Bonjour !

Pour un rapport de TP, je voudrais comparer la distribution de données observés à une distribution théorique, mes données sont appariées. Les données sont qualitatives et trinomiales (0,1 et 2).
Est ce bien le test de Kolmogorov-Smirnov qu'il faut utiliser ? Et que dois-je rentrer comme formule sous R ?

Merci d'avance des réponses !

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Re: test de smirnov ???

Message  nik le Jeu 4 Déc - 10:27

bonjour,

si tes données sont qualitatives alors ça ne correspond pas au test de Kolmogorov-Smirnov qui nécessite que la distribution théorique testée soit continue et pas discrète comme dans ton cas. Il me semble que le test d'ajustement du chi² devrait être plus apprioprié à ton cas si tes effectifs sont suffisants.

Regarde l'aide de la fonction chisq.test dans R. Il me semble que par défaut la fonction est programmée pour réaliser le chi² d'ajustement
Code:
?chisq.test
Par contre il faut que tu détermines ta loi de distribution à tester dans tous les cas....

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Re: test de smirnov ???

Message  Adrien le Jeu 4 Déc - 10:37

Tu es sûr Nik ?
Parceque un test Chi2 avec des données appariées, je parirais pas.

Tu veux tester un ecart à une distribution aléatoire du type multinomial (genre 1/3 1/3 1/3)
ou est-ce que tu cherches à modéliser ta variable qualitative en fonction d'autres variables ?

Dans le premier cas, nous devrions être sur un test non paramétrique d'ajustement... je ne sais pas lequel de tête mais ça peut se trouver.

Dans l'autre, je dirais, sans grande conviction, qu'on pourrait le modéliser avec un test linéaire généralisé en intégrant des effets aléatoires prenant en compte ta non-indépendance de tes mesures (modele à effets mixtes).

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Re: test de smirnov ???

Message  nik le Jeu 4 Déc - 12:15

arf...oui j'avais loupé le apparié....

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Re: test de smirnov ???

Message  nik le Jeu 4 Déc - 12:27

Je m'étonne moi même...il semble qu'il existe une version corrigée du test du chi² pour tenir compte de l'appariement des données : le Khi² de McNemar. Je ne l'ai jamais utilisé mais ça doit se faire sous R sans trop de pb.
Par contre j'avoue que j'ai du mal à voir où sont appariée tes données si tu compares à une distrib théorique. Je veux bien que tu aies 2 séries de données appariées pour une raison ou une autre mais par rapport à la distrib théorique on s'en moque du coup ou bien j'ai pas tout saisi ?

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Re: test de smirnov ???

Message  Mélanie le Jeu 4 Déc - 17:05

Merci déja pour vos réponses !
Donc déjà, je n'ai pas réellement compris en quoi les données étaient appariées (mais c'est Mr kauffman qui nous a dit donc...).
En fait nos données sont les suivantes:
on a 18 données où les fourmis doivent faire un choix (Adrien, je pense que tu vois de quelle expérience je veux parler...) entre un mauvais nid et un bon nid. Alors est ce que les données sont appariées parce que nous sommes dans la même arène expérimentale ?
On veut donc voir s'il y a une différence entre nos données et une distribution théorique (1/3, 1/3, 1/3)...

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Re: test de smirnov ???

Message  tania le Jeu 4 Déc - 19:06

Tes réponses ne sont pas appariées par rapport à l'arène dans laquelle tu as réalisé l'expérience. Par contre il n'y aurait pas deux réplicats par colonie? Je ne me souviens plus super bien du tp, mais il y a trois expériences de suite. Je crois qu'elles sont appariées dans le cas où tu teste la différence en comparant le temps, la taille du chorum...entre exp 1 et 2, en ne considérant que le nid choisi dans l'exp 2. Tu as aussi appariement si tu compares les 2 nids de l'expérience 2 (tps de voyage, nb de transports..), parce que c'est la même colonie que tu considères. Dans ces cas-là, est-ce qu'il ne faudrait pas s'orienter vers une bête comparaison de moyennes (good nid vs bad nid)?

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Re: test de smirnov ???

Message  Mélanie le Jeu 4 Déc - 20:05

Ok merci pour ces éclaircissement !

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Re: test de smirnov ???

Message  nik le Ven 5 Déc - 10:50

Il faudrait expliquer un peu plus clairement l'expérience parce que je ne vois pas ce que représente les 18 données...18 fourmis ? 18 Bernard Kauffman ?? Very Happy

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Re: test de smirnov ???

Message  Mélanie le Ven 5 Déc - 14:12

18 Bernard Kauffman
lol!

Alors cette expérience : en fait on est par binome et chaque binome a une colonie. Chaque binome fait migrer sa colonie de fourmi dans une arène et regarde le choix qu'elle fait. Les 18 données correspondent donc à 18 migrations faites par 18 binomes différents sur 18 colonies différentes. Smile

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Re: test de smirnov ???

Message  nik le Ven 5 Déc - 14:49

Alors je pense qu'il n'y a rien d'apparié. L'effectif de 18 va être difficile à gérer pour les tests car l'estimation des fréquences va être fortement biaisée. L'ajustement à une loi multinomiale est assez bancal mais bon why not...ce n'est qu'un tp après tout. Mais dans ton rapport il faut rester très prudent quant à la conclusion biologique.

Donc pour finir c'est bien un test du chi² qu'il faut faire en calculant les effectifs théoriques sur la base des proportions 1/3 1/3 1/3
(juste par curiosité, c'est quoi le 3ème choix...bon nid, mauvais nid et...encore bernard kauffman ?? Very Happy)

Bonne continuation

Nik

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Re: test de smirnov ???

Message  Mélanie le Ven 5 Déc - 16:15

le 3 ème chois c'est...qu'il n'y a pas de choix ! que les colonies se scindent en deux moitié dans le mauvais nid moitié dans le bon nid.
Mais alors...
Pourquoi Bernard kauffman a dit que les données sont appariées ???

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Re: test de smirnov ???

Message  tania le Ven 5 Déc - 17:27

Elles sont appariées quand tu considères 2 fois la même colonie, par ex choix vs pas de choix dans l exp 1 et 2.

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Re: test de smirnov ???

Message  Mélanie le Ven 5 Déc - 19:06

Ah d'accord ! Donc en fait je dois utilisé des tests avec données appariées uniquement si jutilise des données des expériences 1 et 2 en même temps si j'ai bien compris.

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