La Doua Dans l'Oeil
Vous souhaitez réagir à ce message ? Créez un compte en quelques clics ou connectez-vous pour continuer.
Le Deal du moment :
Aliexpress : codes promo valables sur tout le site
Voir le deal

Repliement secondaire et édition d'alignement...

2 participants

Aller en bas

Repliement secondaire et édition d'alignement... Empty Repliement secondaire et édition d'alignement...

Message  Joseph Dim 19 Avr - 14:47

Bonjour,

Je cherche un logiciel libre/serveur web qui pourrait me calculer le repliement secondaire d'une séquence d'ARNr. Est-ce que vous auriez une idée de quoi utiliser ?

Autre chose, j'utilise en ce moment JalView pour manipuler et éditer mes alignements de séquences, mais je suis de nouveau confronté au problème qui m'a fait balancer Seaview : il pédale dans la semoule quand mon jeu de séquences devient trop important. Donc pareil : quel logiciel/serveur web préconisez vous pour l'édition de jeu d'alignement important ? Dans l'idéal, j'aimerais automatiser la suppression des gaps de l'alignement (colonnes vides), comme ça je réduis tout de suite la taille de mes fichiers d'alignement...


J'espère que vous voyez ce que je veux dire, merci pour l'aide éventuelle !

Cordialement,

Joseph
discret
discret

Nombre de messages : 7
Niveau et domaine de formation : Master 2 Recherche, Ecologie Microbienne
Etablissement : UCBL
Date d'inscription : 25/02/2009

Revenir en haut Aller en bas

Repliement secondaire et édition d'alignement... Empty Re: Repliement secondaire et édition d'alignement...

Message  Adrien Dim 19 Avr - 20:38

Salut,

moi j'utilise CLC Sequence Viewer pour mes alignements.
Je ne suis pas un pro de la génomique, mais je l'aime bien.
Il marche mieux que Seaview et a un plus grand panel d'option.

Je te conseille egalement de télécharger le supplément d'algorithme (gratuit) car celui de base n'est génial. Tu y trouveras le fameux Clustal, Kalign, moi j'utilise plutot Muscle.
Adrien
Adrien
Squatteurs
Squatteurs

Nombre de messages : 398
Age : 40
Niveau et domaine de formation : Doctorant Ecologie (LBBE)
Etablissement : UCB Lyon1
Date d'inscription : 08/10/2007

https://ladoua.exprimetoi.net

Revenir en haut Aller en bas

Revenir en haut


 
Permission de ce forum:
Vous ne pouvez pas répondre aux sujets dans ce forum
Ne ratez plus aucun deal !
Abonnez-vous pour recevoir par notification une sélection des meilleurs deals chaque jour.
IgnorerAutoriser