Repliement secondaire et édition d'alignement...

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Repliement secondaire et édition d'alignement...

Message  Joseph le Dim 19 Avr - 14:47

Bonjour,

Je cherche un logiciel libre/serveur web qui pourrait me calculer le repliement secondaire d'une séquence d'ARNr. Est-ce que vous auriez une idée de quoi utiliser ?

Autre chose, j'utilise en ce moment JalView pour manipuler et éditer mes alignements de séquences, mais je suis de nouveau confronté au problème qui m'a fait balancer Seaview : il pédale dans la semoule quand mon jeu de séquences devient trop important. Donc pareil : quel logiciel/serveur web préconisez vous pour l'édition de jeu d'alignement important ? Dans l'idéal, j'aimerais automatiser la suppression des gaps de l'alignement (colonnes vides), comme ça je réduis tout de suite la taille de mes fichiers d'alignement...


J'espère que vous voyez ce que je veux dire, merci pour l'aide éventuelle !

Cordialement,

Joseph
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Re: Repliement secondaire et édition d'alignement...

Message  Adrien le Dim 19 Avr - 20:38

Salut,

moi j'utilise CLC Sequence Viewer pour mes alignements.
Je ne suis pas un pro de la génomique, mais je l'aime bien.
Il marche mieux que Seaview et a un plus grand panel d'option.

Je te conseille egalement de télécharger le supplément d'algorithme (gratuit) car celui de base n'est génial. Tu y trouveras le fameux Clustal, Kalign, moi j'utilise plutot Muscle.

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