Graphiques après utilisation de la fonction tapply

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Graphiques après utilisation de la fonction tapply

Message  Xave le Sam 9 Jan - 18:07

Bonjour,

Je suis néophyte dans R. J'ai appliqué cette fonction tapply afin d'obtenir le maximum des mes pucerons (totapupa) en fonction des nombres de jour. tapply(totapupa,fjour,max)

Cette fonction marche. Mais, je souhaite utiliser ce résultat généré pour faire un boxplot ou plot. Et là, ça coince. Quelqu'un pourrait-il m'aider à poser la bonne fonction?

Merci d'avance

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Re: Graphiques après utilisation de la fonction tapply

Message  Elise le Dim 10 Jan - 19:50

Salut Xave, et bienvenue sur notre forum.

Tout d'abord: Vive R!!!
Ensuite: je ne sais pas si tu l'as déjà fait mais il faudrait dans un premier temps stocker ta sortie, le tableau tapply, dans un nouvel objet: >objet<-tapply(...). Ensuite pour faire un boxplot à partir de ce genre de données, il faut que tu précises à R que les jours sont ici une variable discrète avec la fonction: >var.discretisee<-factor(nomcolonne$objet)

Je sais pas si tu as déjà essayé tout ça...Pour plus d'efficacité, n'hésite pas à copier-coller les commandes que tu as utilisées sous R ainsi que les sorties ou les messages d'erreur générés!

Elise

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Re: Graphiques après utilisation de la fonction tapply

Message  Xave le Lun 11 Jan - 16:30

Bonjour Elise,

Je te remercie pour ces indications.

Cependant, elles ne marchent pas encore. J'ai des messages d'erreur qui s'affichent. Peut être que c'est moi qui n'arrive pas à bien placer les fonctions.

Voici mes variables. cult = (poispur et blepois). Avec les modalités poispur et blepois, je souhaite par exemple faire des plots où j'aurais deux courbes présentant ces différents maximums.
names(dat)# noms des variables
[1] "date" "jour" "sem" "parcel" "n" "cult" "totapupa" "nb_puparc"

tapply(totapupa,fsem,max)# Maximum des pucerons par parcelle pour chaque semaine comment obtenir un graphique plot avec cette fonction? sem= (sem1, sem2, sem3,.........sem13). Comment sans aller sur le tableau des données appliquer une fonction qui me permette des distinguer les modalités poispur et blepois tout en faisant un plot avec des courbes?


sem1 sem10 sem11 sem12 sem13 sem2 sem3 sem4 sem5 sem6 sem7 sem8 sem9
5 217 86 24 62 5 16 16 38 123 241 189 137

tapply(totapupa,fjour,max)# Max des pucerons en fonction des jours de visites sur le terrain
1 2 8 9 10 15 16 22 23 29 30 36 37 43 44 51 52 58 59 64 65 71 72 78 79 84 85
5 2 3 2 5 8 16 5 16 30 38 27 123 71 241 189 91 137 97 186 217 68 86 24 62 4 0

Merci une fois de plus pour vos indications.

Xave
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Re: Graphiques après utilisation de la fonction tapply

Message  Elise le Lun 11 Jan - 17:50

D'accord, ça s'éclaircit un peu...

Il y a une fonction sous R qui permet d'extraire sélectivement des données d'une table. On peut par exemple ne représenter graphiquement que les résultats relatifs à une modalité choisie. Pour celà, utilise l'argument sur le modèle suivant:

>plot(max[cult=="poispur"],sem[cult=="poispur"])

Pour ajouter l'autre modalité:

>abline(max[cult=="blepois"],sem[cult=="blepois"])

Par contre il faut s'assurer que tu aies autant de données pucerons que de dates. Par exemple si tu as mesuré tous les jours et que tu veux plotter des semaines, ça va coincer...

Sinon un site que tu connais peut-être déjà: http://pbil.univ-lyon1.fr/R

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Graphiques après utilisation de la fonction tapply

Message  Xave le Lun 11 Jan - 21:05

Bonsoir Elise,

Merci une fois de plus de tes suggestions et du lien des documents. J'avais déjà ce lien que je suis entrain de parcourir.
En appliquant les fonctions, j'ai un message d'erreur indiçable (voir en bas de page).

plot(max[cult=="poispur"],sem[cult=="poispur"])
Erreur dans max[cult == "poispur"] : objet non indiçable
> plot(max[cult=="poispur"])
Erreur dans max[cult == "poispur"] : objet non indiçable
> abline(max[cult=="blepois"],sem[cult=="blepois"])
Erreur dans max[cult == "blepois"] : objet non indiçable

Merci.

Elise a écrit:D'accord, ça s'éclaircit un peu...

Il y a une fonction sous R qui permet d'extraire sélectivement des données d'une table. On peut par exemple ne représenter graphiquement que les résultats relatifs à une modalité choisie. Pour celà, utilise l'argument sur le modèle suivant:

>plot(max[cult=="poispur"],sem[cult=="poispur"])

Pour ajouter l'autre modalité:

>abline(max[cult=="blepois"],sem[cult=="blepois"])

Par contre il faut s'assurer que tu aies autant de données pucerons que de dates. Par exemple si tu as mesuré tous les jours et que tu veux plotter des semaines, ça va coincer...

Sinon un site que tu connais peut-être déjà: http://pbil.univ-lyon1.fr/R

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Re: Graphiques après utilisation de la fonction tapply

Message  nik le Jeu 14 Jan - 10:14

J'ai répondu par mp,
je complète ici pour répondre à la question Smile

Tu ne peux pas faire utiliser les [] après max car max est une fonction dans R (qui retourne le maximum). Ne nomme surtout pas d'objet sous le nom "max" car ça va te mettre le bazard.

As tu lu le document "R pour les débutants ?" d'Emmanuel Paradis ? Beaucoup de choses de base y sont décrites.

Bon courage

Nik

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Re: Graphiques après utilisation de la fonction tapply

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