Distance de Poisson

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Sujet Moyen Distance de Poisson

Message  Adrien le Dim 4 Nov - 14:37

Je voulais savoir si certains d'entre vous sauraient la spécificité d'une option "distance de Poisson" lorsqu'on construit un arbre de distance de type NJ ? Cool

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Sujet Moyen Re: Distance de Poisson

Message  n'LN le Mar 20 Nov - 22:49

Je ne suis pas vraiment en mesure de te répondre très clairement mais quelques éléments si je les ai bien compris et surtout une référence que je suis en train de potasser moi même ^^ Wink :

Toutes les méthodes de correction des distances interviennent avant le choix de réaliser un arbre de distance par l'algorhytme de NJ. Chacune s'appuie sur un modèle biologique d'évolution : par exemple certaines prennent en considération que les substitutions ne sont pas toutes équiprobables... Le modèle de Poisson quand à lui (et si j'ai bien compris) ne prend en compte que le temps comme paramètre de correction des distances. Il ne regarde ni la nature ni la position dans l'arbre d'une divergence entre deux OTU. Il considère qu'il y a un taux constant de probabilité de changement d'état par unité de temps.
En fait j'aimerais bien avoir confirmation de cela et plus d'explication si possible Wink
En attendant je vais essayer de trouver le courage de lire :

LA RECONSTRUCTION PHYLOGÉNÉTIQUE
Concepts et méthodes
P. DARLU, P. TASSY

On m'a passé la version électronique de 2004 (le livre date lui de 1993) mais je ne l'ai pas cherché moi même j'avoue ^^ donc si quelqu'un la veut sans la trouver demander moi et je vous l'envoi. Attention ce livre ne fait pas état de toutes les avancées en phylogénie depuis 93 mais reste très complet et cité par les profs de phylogénie eux-même.

Si quelqu'un à d'autres références en la matière je suis preneuse! Surtout si ces références sont plus facile à lire en livre de chevet ^^
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