MLST : analyse de diversité

Bonjour,

Parmi les méthodes d'analyse de la diversité microbienne, de type Multilocus, existe la MLST. Je sais qu'elle utilise la concaténation de sept gènes dits de ménage pour faire son identification.
Mais à part ça, le principe reste assez flou à mes yeux...

Est-ce-que quelqu'un pourrait m'aider ?

merci

Le principe est simple, il s'agit d'une méthode d'analyse de la diversité par l'analyse de la diversité de composition en allèle d'une souche. On effectue donc le séquençage d'un jeu de gènes choisis, effectivement des gènes de ménage car on veut qu'il soient présents a priori dans la souche que l'on analyse. On obtient donc différentes séquences pour un même gène, ce sont les différents variants du gènes, les allèles. L'ensemble du jeu d'allèle d'une souche définie son profil multi-locus. C'est la même chose que tous les bouquets qu'il est possible de faire avec comme règle : 1 rose, 1 tulipe, 1 lys. Chaque type de fleur ayant pouvant-être rouge, noir ou blanc. On a ainsi un profil qui est défini par les couleurs de chacune des fleurs composant le bouquet... Ouais, mes métaphore laisse parfois à désirer...

Voilà tout :-)

C'est un méthode plus résolutive que le séquençage uniquement de l'ARNr 16S mais ce n'est pas forcément la méthode la plus résolutive pour l'analyse de la biodiversité. Les méthodes AFLP par exemple sont plus résolutives mais nécessite une mise en oeuvre de moyens plus lourde. Il faut bien se rendre compte qu'en 2009, séquencer des gènes de ménages dont on possède en stock les amorces dans tous les labos c'est "presque" gratos. Un séquençage de 16S (donc de tout autre séquence de la même longueur, i.e : environ 1,5kbp) c'est dans les 10/15 euros...

Le typage de la souche dépend donc de son profil allèlique. Tu dis 7 gènes, mais ça peut-être plus ou moins, tout dépend du niveau de résolution que tu veux atteindre et surtout des données dont tu dispose dans tes bases de données. Typiquement, dans le cas de la bio clinique, l'analyse des souches résistantes en milieu hospitalier par MLST permet d'établir des profils allèlique spécifique et donc d'effectuer des études épidémio en stockant ces profils dans des bdd. On a ainsi accès à une méthode rapide et plus fiable que le séquencage du 16S uniquement, facile à mettre en oeuvre et assez résolutive pour séparer par exemple des groupes d'espèces très vaste : S. aureus, A tumefaciens, etc.

Yep, j'aime déterrer les topics !

merci pour cette réponse !