24 juin 2009 : Estimation de l'abondance des virus marins ?

Après une longue absence, le jeu de la semaine revient :

(jeu proposé par Elise)
A combien estime-t-on l'abondance des virus marins?

Salut à tous,

Une fois n’est pas coutume, je me lance dans la microbio… Ben oui, il faut bien varier les plaisirs ! C’est à la lecture d’un article dans La Recherche sur la découverte de Sputnik, un virus de virus, que je suis tombée sur ce chiffre étonnant : en 1989, les premières estimations de l’abondance des virus marins en annoncent 4 à 10 millions par millilitres d’eau de mer (La Recherche n°426, janvier 2009)! Bien sûr, ces estimations varient selon le niveau de trophie de l’eau (Marie et Al, 1998), la profondeur (Noble et Fuhrman, 1998), la distance à la côte etc (Noble et Fuhrman, 1998).

Les virus constituent le groupe de particules avec acides nucléiques le plus abondant dans les océans (Cottrell et Al, 1991). Il existe plusieurs techniques moléculaires permettant de dénombrer les virus dans l’eau. Basiquement, il s’agit de comptages directs sous microscope après dilutions, à l’aide de la microscopie à transmission d’électrons. Les problèmes viennent essentiellement de l’extraction du matériel biologique et de la difficulté de la différentiation des virus avec les petites bactéries ou les particules inertes. Le marquage du matériel génétique avec des fluorochromes (DAPI, Acridine orange, SYBR Green…) permet l’utilisation de la microscopie à épifluorescence. Plus récemment, la technique de la cytométrie de flux permet d’automatiser les comptages.

Les données de la littérature oscillent entre 105 à 108 par ml. L’étude de Marie et Al (1998) donne des chiffres de concentration allant de 0.2 x 10 E7 dans le Pacifique ou la Méditerranée à 1.8 x 10 E7 dans la Manche. En comparaison, l’eau des mares contient quant à elle entre 106 à 107 virus par ml (. Dans les sédiments marins, on passe à 10 E9 par gramme en pleine mer (Danovaro et Al, 2000). Près des côtes, l’abondance est maximale en surface, au large elle est maximale à 25m de profondeur. De façon générale, l’abondance diminue avec la profondeur (comme celle des bactéries ou des cellules planctoniques). Dans tous les cas les profils verticaux montrent un effondrement brutal des valeurs à la limite de la zone aphotique. Le ratio virus : bactérie varie globalement entre 15 et 5, avec 20 fois plus de virus que de bactéries dans les eaux eutrophes comme celles de la Manche.

Beaucoup de virus marins sont libres (Berg et Al, 1989), les autres étant des phages qui infectent les algues, les bactéries ou les archées. Des analyses métagénomiques du virome marin (métagénôme des virus marins) permettant d’estimer la diversité métabolique et la structure de la communauté virale dans son ensemble, montrent que la diversité globale est très importante et s’élèverait à plusieurs centaines de millier d’espèces (Angly et Al, 2006)…
Alors cet été à la plage, réfléchissez à deux fois avant de plonger !




Noble, R.T., Fuhrman, J.A., 1998. Use of SYBR Green I for rapid epifluoresence counts of marine viruses and bacteria. Aquatic Microbial Ecology, 14 : 113-118.

Marie, D., Brussaard, C.P.D, Thyrhaug, R., Bratbak, G., Vaulot, D., 1998. Enumration of marine viruses in culture and natural samples by flow cytometry. Applied and Environmental Microbiology, 65 : 45-52.

Danovaro, R., Dell’Anno, A., Trucco, A., Serresi, M., Vanucci, S., 2001. Determination of virus abndande in marine sediments. Applied and Environmental Microbiology, 67 : 1384-1387.

Angly, F.E., Felts, B., Breitbart, M., Salamon, P., Edwards, R.A., Carlson, C., Chan, A.M., Haynes, M., Kelley, S., Liu, H., Mahaffy, J.M., Mueller, J.E., Nulton, J., Olson, R., Parson, R., Rayhawk, S., Suttle, C.A., Rohwer, F., 2006. The marine viromes of four oceanic regions. Plos Biology, 4 : 2121- 2131