la grippe

En france la grippe demeure l'une des premières causes de mortalité et morbidité par maladie infectieuse.
En effet si elle est le plus souvent banale chez nous les jeunes en pleine possession de nos déffences immunitares, elle peut devenir grave (atteintes pulmonaires importantes et parfois extrapulmonaires) chez les personnes agées et/ou immuno-déprimées.

alors je pensais que ce serait intéressant de parler un peu de ces petits virus :
- mode de transmission
- variabilité antigénique responsable des pandémies (tout les 15 ans) et de des épidémies annuelles.
- et éventuellement un petit topo sur la "grippe aviaire" et ses risques de transmission à l'espèce humaine (on passera forcément par un peu de génétique et d'écologie je pense!!).

Voila. Je sais que ça fait beaucoup de quetions pour un seul message mais c'est pour lancer la discution.....

Les gens de Microbiologie pourront sans doute m'arreter si je dis une bètise, mais :

Le virus de la grippe est un virus à ARN-, à simple brin et à symétrie helicoïdale. Il faudra donc construire le brin d'ARN+ lors de la réplication du virus. C'est une ARN polymérase ARN dépendante du virus qui s'en charge, mais cette enzyme est très peu fidèle, ce qui provoque des mutation dans le génome du virus. Ces petites mutations contribuent à modifier légérement la structures des protéines virales, comme l'hémaglutinine et la neuramidase. Ces deux protéines sont les fameux H et N. Cette légère variabilité conduit à l'apparition d'une nouvelle souche chaque année.

Quant aux pandémies, elles surviennent après des événements de cassure dans le génome du virus. Pour réparer cette cassure, le virus, si celà est possible, va réparer son génome à l'aide d'un autre ARN viral éventuellement présent dans l'hôte. Celà est aussi possible lors de l'infection par deux souches grippales différentes. Ces événements vont conduire à l'apparition du nouvelle souche virale totalement inconnue de l'homme et de son système immunitaire, d'ou la pandémie.

Pour le reste je laisse les experts s'exprimer.

PS : J'ajouterais aussi que le virus de la grippe est celui qui à le plus tué dans toute l'histoire de l'humanité, loin devant tout les autres.

Ce que tu oublis de dire, Chis, c’est que son génome est segmenté (8 fragments d’ARN ou 7 pour le type C). Les réassortiments entre deux souches ne sont pas rares et permettent de « mélanger » les molécules d’ARN, en créant de nouvelles souches.

De plus, comme Chris l’a fait remarqué, l’ARN polymérase virale est peu précise (une erreur sur 10^4 nucléotides, contre 1 sur 10^9 pour l’ADN polymérase), ce qui augmente encore la variabilité.

Le virus de la grippe appartient à la famille des Orthomyxoviridae. Il existe trois types de virus de la grippe, A, B et C. Pour le type A, le plus fréquent et le plus virulent, il existe plusieurs sous-types, notés sous forme HxNy.
C’est un virus enveloppé à ARN négatif ségmenté.

Bref résumé (pour le type A) :



Les protéines virales :

• M1,protéine de la matrice
  
• M2,formant un canal ionique, permettant la libération des nucléocapsides (=molécule d’ADN ou d’ARN (dans ce cas), entourée par des protéines du corps)
  
• NP,nucléoprotéine, protège l’ARN viral et le dirige au noyau
  
• PA,protéine acide, PB1 et PB2 (protéines basiques), polymérases
  
• HA,permet la liaison au récepteur, l’acide sialique, et la fusion des
  membranes. Elle présente 16 sous-types.
  
• NA, assure la destruction des récepteurs membranaires. Avant infection, cela permetde détruire les récepteurs présents sur les villosités et aller directement au corps cellulaire. Après infection elle promeut (en voilà un mot qu’on n’utilise pas souvent !) la libération des particules virales nouvellement formées. Elle présente 9 sous-types.
  
• NS1 et NS2, non structural proteins.
  

1. Adsorption & endocytose

Lors de sa dissémination dans les aérosols, le virus n’est pas infectieux. Pour le devenir, il doit être mis en présence d’une protéase spécifique du tractus respiratoire (tryptase Clara), afin de cliver l’homotrimère d’hémagglutinine. Lorsque l’hémagglutinine est sous forme clivée, la particule virale devient infectieuse. Le tropisme du virus pour les cellules du tractus respiratoire pourrait donc s’expliquer grâce à la présence de cette protéase exocellulaire spécifique. L’hémagglutinine reconnaît les acides sialiques présents à la surface des cellules de l’hôte, ce qui entraîne l’adsorption du virus à la surface cellulaire. Un mécanisme d’endocytose dépendant de clathrines a ensuite lieu, le virus se retrouve alors dans un endosome. Une fois ce mécanisme réalisé la particule virale doit être déshabillée.

2. Déshabillage & libération des segments ribonucléoprotéiques (uncoating)

Le déshabillage de la particule virale est pH-dépendant. Dans l’endosome, le pH va chuter à 5 et va permettre un changement de conformation de l’hémagglutinine. Cette dernière va alors former une structure amphiphile dans la membrane de l’endosome, ce qui a pour effet de déclencher la fusion des membranes cellulaire et virale, et donc de libérer dans le cytoplasme le contenu de la particule virale. Par ailleurs, lors de la chute du pH, les canaux ioniques formés par M2 vont induire la dissociation des segments ribonucléoprotéiques de M1 par l’entrée de protons dans la particule virale. Il y a alors libération des segments ribonucléoprotéiques dans le cytosol.

3. Migration nucléaire

La migration au noyau du complexe ribonucléoprotéique est réalisée grâce la protéine NP qui recouvre totalement les segments d’ARNs viraux. Les segments d’ARNs interagissent via une séquence NLS (nuclear localisation signal) avec la karyopherine-α et recrutent ensuite la karyopherine-β. Cette dernière permet la translocation nucléaire médiée par un mécanisme Ran-GDP/Ran-GTP.

4. Transcription, traduction & réplication

Chaque fragment d’ARN viral sert de matrice pour produire deux ARN positifs, ARNm (messager) et ARNc (complémentaire). C’est le complexe PA-PB1-PB2 associé aux ARNs négatifs qui joue le rôle d’ARN polymérase ARN-dépendante. Pour l’ARN messager, un ARNm de la cellule hôte, capé, sert d’amorce. L’ARNm viral porte donc lui aussi la cape. Il est exporté dans le cytoplasme et est reconnu comme normal par la machinerie de traduction de la cellule.
ARNc reste dans le noyau (sans être retrotranscrit en ADN et donc sans s’intégrer) et sert à son tour de matrice pour produire l’ARN viral (négatif). Il est protégé et stabilisé par la protéine NP.
Les protéines NP, NS2, M1, PA, PB1 et PB2 sont acheminées au noyau après avoir été synthétisées. Les protéines d’enveloppe (HA, NA et M2) suivent la voie de l’appareil de Golgi et sont exportées à la membrane cytoplasmique.

5. Encapsidation & bourgeonnement

Pour que le virus s’assemble correctement, il faut que tous les composants soient présents à la membrane (HA, NA, M2, M1 et les segments ribonucléoprotéiques). M1 est la protéine la plus abondante de la particule virale. Elle joue un rôle critique dans les processus d’assemblage et de bourgeonnement du virus. M1 lie les segments ribonucléoprotéiques, et de ce fait, elle forme une coque autour de ceux-ci. M1 interagit aussi avec les protéines d’enveloppe et permet la formation proprement dite de la particule virale.



Pour la grippe aviaire, la suite au prochain épisode...

Pour le topo sur la grippe aviaire...
On a entendu beaucoup de choses, pas toujours justes.
Vous pouvez aller voir des sites officiels, comme celui de CNRS
http://grippeaviaire.veille.inist.fr/rubrique.php3?id_rubrique=1
ou de l'OMS
http://www.who.int/mediacentre/factsheets/avian_influenza/fr/

Voici un extrait de ce dernier, c'est un peu long mais bien écrit:

LA MALADIE CHEZ L'HOMME

Historique et épidémiologie. Les virus grippaux ont normalement une grande spécificité d'espèce, ce qui signifie que, lorsqu'ils infectent une espèce en particulier (homme, certaines espèces d'oiseaux, porcs, chevaux, phoques), ils se limitent à elle et provoquent rarement des infections chez d'autres espèces. Depuis 1959, l'infection humaine par un virus grippal aviaire n'a été établie qu'à 10 reprises. D'après ce que nous savons, sur les centaines de souches de virus grippaux aviaires A, quatre seulement ont provoqué des infections humaines : H5N1, H7N3, H7N7 et H9N2. En général, l'infection humaine par ces virus n'entraîne que des symptômes légers et une maladie bénigne, à une exception notable près : le virus H5N1 hautement pathogène.

De tous les virus grippaux en circulation dans les populations aviaires, le plus préoccupant pour la santé humaine est le virus H5N1, principalement pour deux raisons. Premièrement, c'est celui qui a provoqué le plus grand nombre de cas humains très graves et le plus grand nombre de décès. Il a franchi la barrière des espèces à au moins trois reprises au cours des dernières années : à Hong Kong en 1997 (18 cas, dont 6 mortels), à Hong Kong en 2003 (deux cas, dont un mortel) et lors des flambées actuelles qui ont commencé en décembre 2003 et ont été reconnues pour la première fois en janvier 2004.

La seconde raison, de loin la plus préoccupante, est le risque que le virus H5N1 puisse, s'il en a l'occasion, acquérir les caractéristiques nécessaires pour déclencher une nouvelle pandémie de grippe. Le virus remplit toutes les conditions requises sauf une : la capacité de se transmettre efficacement et durablement d'une personne à l'autre. Si à présent le virus H5N1 est celui qui inquiète le plus, on ne peut écarter complètement la possibilité que d'autres virus grippaux aviaires, connus pour infecter l'homme, puissent être à l'origine d'une pandémie.

Le virus peut améliorer sa transmissibilité interhumaine par deux mécanismes principaux. Le premier est un réassortiment, le matériel génétique étant échangé entre les virus humains et aviaires au cours de la co-infection d’un sujet humain ou d’un porc. Le réassortiment peut aboutir à un virus pandémique pleinement transmissible que révèle une augmentation subite du nombre de cas avec une propagation galopante.

Le second mécanisme est un processus plus progressif de mutation adaptative, la capacité du virus à se fixer aux cellules humaines augmentant au fil des infections successives de sujets humains. Une mutation adaptative s’exprimant dans un premier temps par des groupes restreints de cas humains avec des indices de transmission interhumaine donnerait probablement à la communauté internationale le temps de prendre certaines mesures défensives.

Au cours de la première flambée documentée d'infections humaines par le virus H5N1, qui s'est produite à Hong Kong en 1997, les 18 cas humains ont coïncidé avec une flambée de grippe aviaire hautement pathogène provoquée par un virus quasiment identique dans les élevages de volailles et les marchés d'animaux vivants. Des études approfondies des cas humains ont établi que des contacts directs avec les volailles malades étaient à l'origine des infections. Les études menées sur les membres des familles et les contacts sociaux des patients, les soignants qui se sont occupés d'eux et les personnes chargées de l'abattage des volailles n'ont mis en évidence qu'une propagation interhumaine extrêmement limitée, voire nulle. Les infections humaines ont disparu après la destruction rapide, en trois jours, de toutes les volailles de Hong Kong, soit 1,5 million d'oiseaux selon les estimations. Certains spécialistes pensent que cette mesure drastique aurait permis d'éviter une pandémie de grippe.

A ce jour, tout porte à croire que le contact étroit avec des oiseaux malades ou morts est la principale source d'infection humaine par le virus H5N1. L'homme est particulièrement exposé au risque pendant l'abattage, la plumée, la découpe et la préparation des oiseaux infectés pour leur consommation. Dans quelques rares cas, on pense que la source d'infection est l'exposition des enfants à des déjections de poulets lorsqu'ils ont joué dans des endroits où les volailles sont élevées en liberté. Une autre source d'exposition pourrait être le fait de se baigner dans des nappes d'eau où des carcasses d'oiseaux infectées ont été jetées ou qui pourraient avoir été contaminées par des déjections de canards ou d'autres oiseaux infectés. Dans quelques cas, l'enquête n'a pas pu mettre à jour de source plausible d'infection, ce qui donne à penser qu'il existe encore des facteurs environnementaux inconnus qui entraîneraient une contamination pour un petit nombre de cas. Quelques explications ont été avancées, comme le rôle éventuel d'oiseaux péridomestiques, pigeons par exemple, ou l'utilisation de déjections d'oiseaux non traitées comme engrais.

Pour l'instant, la grippe aviaire H5N1 reste avant tout une maladie des oiseaux et la barrière d'espèce reste un obstacle important : le virus ne la franchit pas facilement pour infecter l'homme. Malgré l'infection de dizaines de millions de volailles sur de vastes zones géographiques depuis la mi-2003, on a confirmé moins de 200 cas humains en laboratoire. Sans que l'on sache bien pourquoi, la plupart des cas se sont produits dans des foyers ruraux ou périurbains ayant de petites basses cours. Toujours pour des raisons inconnues, on a enregistré très peu de cas dans les groupes présumés à haut risque : éleveurs de volailles, personnes travaillant dans des marchés d'oiseaux vivants, personnes chargées de l'abattage, vétérinaires, personnel soignant s'occupant des patients sans l'équipement de protection adéquat. On reste également perplexe devant la concentration inexpliquée de cas chez l'enfant ou le jeune adulte en bonne santé jusque-là. Il faut d'urgence conduire des recherches pour mieux définir les circonstances des expositions, les comportements et peut-être les facteurs génétiques ou immunologiques susceptibles de renforcer la probabilité de l'infection humaine.

Evaluation des cas possibles. Les investigations menées pour les cas humains confirmés le plus récemment, en Chine, en Indonésie et en Turquie, ont établi que le contact direct avec des oiseaux infectés était la source d'exposition la plus probable. Pendant l'évaluation des cas possibles, la suspicion clinique sera de mise en présence de sujets qui présentent un syndrome grippal, notamment de la fièvre et des symptômes d'atteinte des voies respiratoires inférieures, et qui ont des antécédents de contact étroit avec des oiseaux dans une zone où l'on a confirmé des flambées de grippe aviaire H5N1 hautement pathogène. L'exposition à un environnement contaminé par des déjections d'oiseaux infectés est la deuxième source d'infection chez l'homme, mais elle est moins courante. A ce jour, tous les cas humains ne se sont pas produits à la suite d'une exposition à des oiseaux domestiques morts ou visiblement malades. Les études publiées en 2005 ont montré que les canards domestiques peuvent excréter de grandes quantités de virus hautement pathogène sans présenter le moindre signe de maladie. Des antécédents de consommation de volailles dans un pays affecté ne constituent pas un facteur de risque, dans la mesure où la nourriture a été soigneusement cuite et si le sujet n'a pas participé à la préparation du repas. Aucun cas de transmission interhumaine efficace n'ayant pu être établi à ce jour dans quelque endroit que ce soit, le fait de se rendre simplement dans un pays où l'on observe des flambées aviaires et des cas humains sporadiques n'expose pas le voyageur à un risque accru d'infection, dans la mesure où il ne va pas visiter des marchés de volailles vivantes, des élevages ou d'autres environnements dans lesquels il pourrait être exposé à des oiseaux malades.

Moi y'a deux-trois choses qui me turlupinent sur cette histoire de grippe :
Pourquoi est ce qu'il faut refaire le vaccin tous les ans ? Une unique mutation par an ? j'ai du mal à y croire...
Comment les chercheurs savent-ils à l'avance à quelle souche ils auront à faire l'hiver suivant et -admettons qu'ils y arrivent- comment être sur que le virus ne va pas à nouveau muter au début de l'hiver, rendant le vaccin totalement inutile ?

"Attention réponse d'un écolo sur la microbio" = méfiance...

Mais je vais m'y hazarder tout de même et attendre l'avis des spécialistes du domaine !

Pour moi, rien de surprenant à ce qu'il y est bien plus d'une mutation par an ! Tu es sur un organisme à taux de générations très court, donc l'évolution peut se faire très rapidement. de plus le fait qu'il soit à ARN facilite d'autant plus cette évolution rapide (n'est-ce-pas ?)

Pour ce qui est des chercheurs, de mémoire, ceux-ci propose un vaccin en début d'hiver selon les souches présentes en plus grand nombre, avec un risque de forte mutation plus faible d'ici la fin de l'hiver, mais pas impossible bien entendu.

Ai-je à peu près juste, Sacha ou Chris ?

Actuellement, deux sous-types du virus A (H1N1 et H3N2) et un virus B sont responsables de la plupart des cas. Les trois souches inactivées sont inclues dans le vaccin. Mais las antigènes de surface des virus A changent fréquemment, il faut donc revoir le vaccin chaque année. Pour cela les laboratoires de l’OMS du Réseau mondial de surveillance de la grippe, dont les labos d’Atlanta, Londres, Melbourne et Tokyo, rassemblent des informations sur les virus en circulation, permettant de mettre le vaccin à jour.
Je pense que la dérive génétique responsable de cette variabilité est proportionnelle au nombre de cas, donc moins importante durant l’été. Ainsi en connaissant les virus circulant à la fin de l’hiver, on peut réaliser le vaccin de l’année suivante.
Mais ce vaccin ne protège pas complètement, l’efficacité est de 50% à 80% chez de jeunes adultes en bonne santé, et diminue avec l’âge ou maladies.
Il faut savoir aussi que le vaccin est déconseillé pour les personnes soufrant d’allergie aux protéines de l’œuf, car on en retrouve des traces dans celui-ci (les virus étant cultivés dans des œufs).

J'ai une question : et en ce qui concerne la grippe espagnole de 1918? Apparament, elle a été l'une des plus grande pandémie de l'histoire, avec la peste noire. Il semblerait (je dis il semblerait, n'ayant lu que de petits articles sur le net...) qu'elle ait tué 30 millions de gens. Alors comment expliquer ça? Est ce que les conditions d'hygiène de l'époque y sont pour quelquechose? Qu'est-ce que ce virus avait de particulier? Apparament cette épidémie a tué beaucoup de jeunes adultes, alors qu'habituellement ils ne sont pas trop touchés par les grippes...
Est ce que quelqu'un connait un peu le sujet?

Oui Adrien, j'avais bien compris que le virus mute très rapidement, c'est bien ce qui me posait problème : s'il mute d'un patient à l'autre, comment réaliser un vaccin qui soit efficace toute l'année....

Les modifications génétiques constantes des virus grippaux imposent d’ajuster chaque année la composition du vaccin de façon à y introduire les souches les plus récentes A(H3N2), A(H1N1) et B en circulation.

le vaccin prévien la survenue de la grippe chez 70-90% des adultes en bonne santé, de moins de 65 ans, lorsqu'il est bien assorti aux souches circulantes... Chez les personnes agées et fragiles, le vaccin est moins efficace mais prévien surtout les complications (pneumonies, mortalité...). L'immunité apparait après 10-15jours et dure 9à12mois.

la vaccination conter la grippe est recommandé chez :
- personnes agées (65ans et plus)
- sujets à risques (patho plumonaire (mucovicidose, asthme...), cardiopathies, nephropathies, drepanocytose, déficit immunitaire...)
- professionnel de santé

en ce qui concerne la grippe espagnol, je vais me renseigner...